MicrobeTrakr – 微生物基因组鉴定溯源分析系统
MicrobeTrakr 是世界领先的微生物基因组学数据引擎，适配基于WGS策略的HTS数据，提供符合GMI技术框架的微生物基因组数据分析服务，可以通过web界面访问，也可以通过应用从程序接口（APIs）使用。
MicorbeTrakr 为公共卫生及医学检验的诊断实验室设计，在应用单位不额外分配人力和计算资源的情况下，高效率和专业地完成检验工作。并且提供可以回溯的数据管理系统用作流行病学调查研究使用。 在WGS技术趋向取代已有的微生物分型和鉴定技术的趋势下，MicrobeTrakr是配套测序系统的优质选择。
目前，MicrobeTrakr Plus 具备可靠鉴定4500 多种细菌的能力，涵盖210,000以上菌株的基因组数据。经过人工编审的参考蛋白序列多达332,327条，整合的微生物泛蛋白组共达363万多条。准确识别一个细菌，仅仅需要不到1分钟，完成必要的三级分析耗时不超过10分钟。
系统还提供了目前所有可用的，常见病原菌的多序列分型或者病原特异的分子分型方案。甚至独家提供了菌种特异遗传突变的表型映射。
MicrobeTrakr的核心是一个超高速基因组索引系统，这使得细菌的全基因组序列高速搜索成为现实，也使得基于基因组学的细菌流行病学监测成为现实。
医学检验：结核患者的病原学检查，疑难病原鉴定，医院病房感染控制等等。
商品检验&流病检测及公共卫生事件响应：菌种侵权鉴定，食源性病原检测，致病性大肠杆菌/沙门氏菌疫情爆发监测。
生物医学研究：细菌突变体库菌株基因组测定及鉴定，新菌种鉴定；功能菌株筛选、研发及其他相关基础研究。
MLST分型： 110个属种
毒力因子基因： 83个属
耐药相关基因： 90 个属
参考基因组数量：>210000 细菌分离株基因组，内含4500多个种
| XXXBIO/BIOXXX | MicrobeTrakr Plus | MicrobeTrakr | Free Tools | |
| 系统架构 | 单机版 | 在线版 | 在线版 | 在线/单机 |
| 计算硬件需求 | 高性能服务器 | PC/Mac/工作站/平板 | PC/Mac/工作站/平板 | 高性能工作站/PC |
| 界面设计 | 90年代Win风格 | 扁平化风格 | 扁平化风格 | 命令行界面/Web |
| 功能组织 | 整合的工具集 | 单独的专业应用 | 单独的专业应用 | 异源的组件/工具 |
| 安装部署 | 容易安装部署 | 无需安装部署 | 无需安装部署 | 安装部署困难 |
| 系统升级 | 容易升级安装 | 自动升级安装 | 自动升级安装 | 手动升级重新部署 |
| 学习曲线 | 25个课时培训 | 1个课时培训 | — | 一学期 |
| 手工操作时间 | 1小时 | 1分钟 | 1分钟 | 10分钟到三小时 |
| 实际运行时间 | ~2小时 | <1小时 | <1小时 | >5小时，取决于流程顺畅性 |
| 批量样本 | 支持 | 支持 | 不支持批量 | 不支持批量 |
| 运行时间 | 工作时间 | 工作时间/休息时间 | 工作时间 | |
| 输入数据 | ||||
| 测序仪原始数据 | 支持 | 支持 | 不支持 | 支持 |
| 基因组拼装序列 | 支持 | 支持 | 支持 | 取决于具体工具 |
| 基于输入数据 | ||||
| 菌种鉴定 | 不支持 | 支持 | 支持 | 不支持 |
| Subtyping | 手工分型，MLST | 自动MLST/Spoligo/MLVA | 部分支持 | 不支持 |
| 毒力因子检测 | 不支持 | 支持 | 支持 | 不支持 |
| 耐药基因检测 | 不支持 | 支持 | 支持 | 不支持 |
| 耐药表型映射 | 不支持 | 部分支持* | 不支持 | 取决于具体工具 |
| 质粒基因组检测 | 不支持 | 支持 | 支持 | 不支持 |
| 基因组结构注释 | 不支持 | 支持 | 支持 | 支持 |
| 物种特异功能注释 | 不支持 | 支持 | 不支持 | 不支持 |
| 数据记录格式 | 私有格式 | 标准INSD兼容格式 | 取决于具体工具 | |
| 菌群结构分析 | 支持 | 支持 | 不支持 | 不支持 |
| 全基因组系统发生 | 不支持 | 支持 | 支持 | 取决于具体工具和操作人员 |
| 全基因组表型推断 | 不支持 | 支持 | 支持 | 不支持 |
| 核心基因集 | 不支持 | 支持 | 不支持 | 取决于具体工具和操作人员 |
| 独特基因集 | 不支持 | 支持 | 不支持 | 取决于具体工具和操作人员 |
| 实时基因组分析 | 不支持 | 支持 | 不支持 | 不支持 |
| SNPs Call | 支持 | 支持 | 支持 | 取决于具体工具和操作人员 |
| 技术支持 | ||||
| 样本处理 | 无 | 有 | 无 | 无 |
| 数据分析 | 有 | 有 | 无 | 无 |
| 分析模块定制 | 无 | 有 | 无 | 无 |
| 数据库管理 | 有 | 有 | 无 | 无 |
| 应用程序接口 | 无 | 有 | 无 | 取决于具体工具和操作人员 |
| 费用 | ||||
| 收费模式 | 软件拷贝使用费 | 计算资源用量费 | 无 | 无 |