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耐药结核 (Drug-resistant tuberculosis) 是控制结核病一个重要的挑战。 除耐多药结核(MDR-TB)外 泛耐药结核(XDR-TB)也在近年出现。 目前的分子诊断方法,比如药物敏感试验只检测有限的几个目标区域,得到有限的药物敏感测试结果。 在实践中,初步分子诊断为利福平抗性阴性的感染会被考虑为多耐药结核,并考虑使用二线药物进行治疗。 耐药结核的临床管理十分复杂。 处方药物有耳毒性,肾毒性,肝毒性,致泻,呕吐及生理失调等副作用。在没有获得药物敏感试验结果之前,患者可能被迫接受无效并带有副作用的化学治疗。 如果有一种病原检测方法,可以一次性进行所有的药物抗性测试,并且在临床所需要的短时间内返回医师富有诊断价值的信息,那么这对患者是十分有益的。 分枝杆菌的全基因组测序方法使得这个目标成为现实。通过对培养阳性的抗酸杆菌进行微生物全基因组测序,不仅可以获得直接的诸如一线和二线抗结核药物的耐药信息,还可以获得公共卫生部门此前难以获取的高分辨率分子分型。 分枝杆菌的耐药性基本上是其自身的遗传突变导致的,这使得遗传学检测能够得到可靠的表型信息。但现实中的感染,由于NTM的存在,进行菌种特异性的遗传突变-表型推测变得困难。 因此,一个具备强鲁棒性的,精确的物种识别和物种特异性遗传检测的数据分析处理系统是TB病原WGS诊断必须的工具。

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ZetaBio 开发的基于微生物基因组测序的自动鉴定系统解决了这个问题。 使用MicrobeTrakrPlus 可以高效快速地识别结核的病原是几十种分枝杆菌中的哪个具体菌种,并输出相应的耐药突变检测和表型映射信息,也包括经典的MIRU-VNTR分型结果。 一个典型的输出结果如下页面:显示了其物种分类及分子分型信息(牛型结核分枝杆菌),并给出了异烟肼(INH)的药物抗性。