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MicrobeTrakr 是世界领先的微生物基因组学数据引擎,适配基于WGS策略的HTS数据,提供符合GMI技术框架的微生物基因组数据分析服务,可以通过web界面访问,也可以通过应用从程序接口(APIs)使用。

MicorbeTrakr 为公共卫生及医学检验的诊断实验室设计,在应用单位不额外分配人力和计算资源的情况下,高效率和专业地完成检验工作。并且提供可以回溯的数据管理系统用作流行病学调查研究使用。 在WGS技术趋向取代已有的微生物分型和鉴定技术的趋势下,MicrobeTrakr是配套测序系统的优质选择。

目前,MicrobeTrakr Plus 具备可靠鉴定4257 种细菌的能力,涵盖10,000以上菌株的基因组数据。经过人工编审的参考蛋白序列多达332,327条,整合的微生物泛蛋白组共达363万多条。准确识别一个细菌,仅仅需要不到1分钟,完成必要的三级分析耗时不超过10分钟。

系统还提供了目前所有可用的,常见病原菌的多序列分型或者病原特异的分子分型方案。甚至独家提供了菌种特异遗传突变的表型映射。

MicrobeTrakr的核心是一个超高速基因组索引系统,这使得细菌的全基因组序列高速搜索成为现实,也使得基于基因组学的细菌流行病学监测成为现实。

MicrobeTrakr是一个在线微生物基因组学数据搜索引擎,通过检索国际互联网上所有公共可访问的基因组数据(包括基因组相关序列、测序原始数据、 样本信息等)并交由内建的算法和方法预计算和索引,得到比INSDC成员数据库更完整的培养物基因组信息。受试的微生物基因组序列数据按Global Microbial Identifier框架的要求,对单分离株基因组序列进行系统分析和鉴定,并返回有专业价值的结果。

医学检验:结核患者的病原学检查,疑难病原鉴定,医院病房感染控制等等。

商品检验&流病检测及公共卫生事件响应:菌种侵权鉴定,食源性病原检测,致病性大肠杆菌/沙门氏菌疫情爆发监测。

生物医学研究:细菌突变体库菌株基因组测定及鉴定,新菌种鉴定;功能菌株筛选、研发及其他相关基础研究。

MLST分型: 110个属种
毒力因子基因: 83个属
耐药相关基因: 90 个属
参考基因组数量:>71000 细菌分离株基因组,内含4257个种

 

XXXBIO/BIOXXX MicrobeTrakr Plus MicrobeTrakr Free Tools
系统架构 单机版 在线版 在线版 在线/单机
计算硬件需求 高性能服务器 PC/Mac/工作站/平板 PC/Mac/工作站/平板 高性能工作站/PC
界面设计 90年代Win风格 扁平化风格 扁平化风格 命令行界面/Web
功能组织 整合的工具集 单独的专业应用 单独的专业应用 异源的组件/工具
安装部署 容易安装部署 无需安装部署 无需安装部署 安装部署困难
系统升级 容易升级安装 自动升级安装 自动升级安装 手动升级重新部署
学习曲线 25个课时培训 1个课时培训  — 一学期
手工操作时间 1小时 1分钟 1分钟 10分钟到三小时
实际运行时间 ~2小时 <1小时 <1小时 >5小时,取决于流程顺畅性
批量样本 支持 支持 不支持批量 不支持批量
运行时间 工作时间 工作时间/休息时间 工作时间
输入数据
测序仪原始数据 支持 支持 不支持 支持
基因组拼装序列 支持 支持 支持 取决于具体工具
基于输入数据
菌种鉴定 不支持 支持 支持 不支持
Subtyping 手工分型,MLST 自动MLST/Spoligo/MLVA 部分支持 不支持
毒力因子检测 不支持 支持 支持 不支持
耐药基因检测 不支持 支持 支持 不支持
耐药表型映射 不支持 部分支持* 不支持 取决于具体工具
质粒基因组检测 不支持 支持 支持 不支持
基因组结构注释 不支持 支持 支持 支持
物种特异功能注释 不支持 支持 不支持 不支持
数据记录格式 私有格式 标准INSD兼容格式 取决于具体工具
菌群结构分析 支持 支持 不支持 不支持
全基因组系统发生 不支持 支持 支持 取决于具体工具和操作人员
全基因组表型推断 不支持 支持 支持 不支持
核心基因集 不支持 支持 不支持 取决于具体工具和操作人员
独特基因集 不支持 支持 不支持 取决于具体工具和操作人员
实时基因组分析 不支持 支持 不支持 不支持
SNPs Call 支持 支持 支持 取决于具体工具和操作人员
技术支持
样本处理
数据分析
分析模块定制
数据库管理
应用程序接口 取决于具体工具和操作人员
费用
收费模式 软件拷贝使用费 计算资源用量费

 

GMI 8th会议上的海报: MicrobeTrakr-GMI8-Poster

 

在线工具输入及输出样例:MicrobeTrakr—examples