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真菌基因组计划

 

简介

真菌是微生物的一类。有很多食品(如酱油、醋、味精、酒、蘑菇)是依赖于真菌制造的;微生物在其他各种领域中也发挥重要作用。除此之外,某些真菌还是植物或者包括人类的动物的病原。

对真菌的研究和利用离不开对真菌基因组序列的测定和解析,获得所关心物种的基因组序列和注释信息是大量相关工作的重要基础。真菌一般含有多条染色体,整个基因组大小从十几兆碱基对到几十兆碱基对不等。

解决方案

获得特定微生物基因组序列全长95%以上,单个复制子碎片(contig)限制在10个以下。

使用三代高通量测序技术进行测序
每个染色体获得10个以内的碎片(contig)
基于拼装所得序列可预测得到绝大部分全长编码基因(>95%)
获得全基因组范围的碱基修饰状态(DNA甲基化/DNA硫基化修饰)。

获得每个复制子的全长序列 使用三代高通量测序技术进行测序,联合使用光学图谱系统拼装 拼装获得单条完整复制子序列 基于拼装所得序列可预测得到绝大部分全长编码基因(>99%) 基于拼装所得序列可同其他菌株基因组做全基因比对分析。 获得全基因组范围的碱基修饰状态(DNA甲基化/DNA硫基化修饰)。 可根据序列组成分析判断染色体数目及对应大小
对获得的微生物基因组草图或完成图进行结构注释及功能注释。 编码基因预测及其产物功能注释 tRNA基因预测 rRNA基因预测 重复序列预测
公共数据库(NCBI)测序原始数据/基因组序列/注释提交文件制作