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基因组学结核病诊断:机遇和挑战(上)

耐药结核分枝杆菌(MTB)是对全球结核病控制的威胁。全面、及时的药物敏感性检测对于耐药结核病患者的恰当治疗至关重要。表型药敏检测是结核分枝杆菌耐药判断的金标准。结核分枝杆菌全基因组测序技术(MTB-WGS)可在一次实验中完成药敏检测和流行病学调查。...

测序技术用于临床结核病的药敏检测

英国公共卫生部门(PHE)、荷兰以及纽约已经决定,当测序显示一线药物敏感时,将不再使用表型进行检测,这一政策的改变节省了大量的费用成本和时间。 结核病是世界上导致死亡的主要传染病之一,每年导致160万人的死亡。细菌耐药现象正破坏全球控制结核病的努力,据统计,2016年有1060万结核病患者,其中60万患者是利福平耐药或多耐药的,而耐药患者不足1/4得到诊断和治疗。尽管Xpert的应用使利福平耐药检测和快速诊断成为可能,但全面的药敏检测有助于患者得到更合适的治疗,从而降低耐药的扩大与传播。...

与表型检测相比,分子耐药检测对MDR/XDR-TB治疗的影响

与表型药敏检测结果制订的治疗方案相比,根据基因型药敏检测结果制订的治疗方案平均一致性分别为: Cepheid GeneXpert MTB/RIF:49%(95% CI,39-59%) Hain GenoType MTBDRplus and MTBDRsl:63%(95% CI,56-70%) Whole Genome Sequencing:93%(95% CI,88-98%) 三种分子药敏检测方法中,只有根据WGS结果制订的治疗方案最佳,且只有该治疗方案中不包含pDST检测为抗性的药物。...

Relapse or Reinfection? WGS准确鉴别

RIFAQUIN是南非的一种结核病患者化疗方案,即使用大剂量的利福喷汀(rifapentine)及莫西沙星(moxifloxacin)进行治疗。作者选取曾接受过RIFAQUIN方案治疗但病情复燃的患者(即治疗失败),分别采集了治疗前及病情复燃后的样本,评估WGS技术对于复发或再感染的区分能力,同时,又将WGS技术与MIRU-VNTR分型方法进行了比较。结果发现,对区分复发和再感染的能力,WGS与MIRU-VNTR相当,但WGS能识别混合感染,还可获得基因分型信息,同时WGS能鉴定已知的或新的耐药标记。...

综述:WGS用于结核分枝杆菌药敏检测

相比传统的方法,WGS能提供大量重要的、unprecedented accuracy的信息,为临床耐药结核的有效控制提供了新的机遇。根据回顾性及前瞻性的一些研究,证明在临床有限的时间及费用成本下,WGS具有极大的潜力。WGS可检测各种各样的基因多态性,包括单核苷酸多态性(SNPs)、短序列的插入、缺失等,这些对于药敏表型的准确预测都极为重要。 耐药结核依旧是威胁着全球健康的一大挑战。...

WGS快速检测结核病,有效提高临床周转率

全基因组测序(WGS)可作为诊断结核病的一种新方法,能同时进行物种准确鉴定及基因分型,可靠检出耐药结核病的同时,也可提供快速全面的药敏结果,有利于患者的有效治疗,大大提高临床病患周转率。 耐药结核病往往伴有并发症,并且治愈率低,同时,耐药结核病的治疗周期长,缺乏有效的新药,美国疾控中心(CDC)将耐药结核病归为严峻的挑战。多耐药(MDR)结核分枝杆菌及泛耐药(XDR)结核分枝杆菌的确诊关系着结核病(TB)的控制,因此,快速、精确的诊断方法变得很有必要。...