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Relapse or Reinfection? WGS准确鉴别

RIFAQUIN是南非的一种结核病患者化疗方案,即使用大剂量的利福喷汀(rifapentine)及莫西沙星(moxifloxacin)进行治疗。作者选取曾接受过RIFAQUIN方案治疗但病情复燃的患者(即治疗失败),分别采集了治疗前及病情复燃后的样本,评估WGS技术对于复发或再感染的区分能力,同时,又将WGS技术与MIRU-VNTR分型方法进行了比较。结果发现,对区分复发和再感染的能力,WGS与MIRU-VNTR相当,但WGS能识别混合感染,还可获得基因分型信息,同时WGS能鉴定已知的或新的耐药标记。...

综述:WGS用于结核分枝杆菌药敏检测

相比传统的方法,WGS能提供大量重要的、unprecedented accuracy的信息,为临床耐药结核的有效控制提供了新的机遇。根据回顾性及前瞻性的一些研究,证明在临床有限的时间及费用成本下,WGS具有极大的潜力。WGS可检测各种各样的基因多态性,包括单核苷酸多态性(SNPs)、短序列的插入、缺失等,这些对于药敏表型的准确预测都极为重要。 耐药结核依旧是威胁着全球健康的一大挑战。...

WGS快速检测结核病,有效提高临床周转率

全基因组测序(WGS)可作为诊断结核病的一种新方法,能同时进行物种准确鉴定及基因分型,可靠检出耐药结核病的同时,也可提供快速全面的药敏结果,有利于患者的有效治疗,大大提高临床病患周转率。 耐药结核病往往伴有并发症,并且治愈率低,同时,耐药结核病的治疗周期长,缺乏有效的新药,美国疾控中心(CDC)将耐药结核病归为严峻的挑战。多耐药(MDR)结核分枝杆菌及泛耐药(XDR)结核分枝杆菌的确诊关系着结核病(TB)的控制,因此,快速、精确的诊断方法变得很有必要。...

U.S. FDA – Sharing Whole Genome Sequencing with the World

Whole genome sequencing (WGS) is an advanced technology that the U.S. Food and Drug Administration is increasingly using to better understand foodborne pathogens, including identifying the nature and source of microbes that contaminate food and cause outbreaks of...

2017年动物源细菌耐药性监测计划

为贯彻落实《遏制细菌耐药性国家行动计划(2016-2020年)》,进一步加强动物源细菌耐药性监测工作,保证动物源性食品安全和公共卫生安全,我部制定了《2017年动物源细菌耐药性监测计划》。 一、任务分工 农业部负责组织全国动物源细菌耐药性监测工作。 各省(自治区、直辖市)兽医行政管理部门负责选定连续定点监测养殖场(猪场、肉鸡场、蛋鸡场或奶牛场各1个,共3个),保证监测工作的连续性,并协助监测任务承担单位做好屠宰场和养殖场采样工作。在完成国家监测计划的同时,有条件的省份,应制定并组织实施辖区动物源细菌耐药性监测计划。...

国家致病菌识别网工作实施方案

国家致病菌识别网,是以网络化信息平台为依托,采用病原识别、分子分型、基因组流行病学等新型调查分析技术,开展细菌性传染病监测与防控的实验室网络。通过加强国家致病菌识别网建设,建立并不断完善适合我国国情的细菌性传染病监测模式,推进细菌性传染病监测预警新技术和策略应用,从而提高疫情发现和防控能力。国家致病菌识别网对于提高我国细菌性传染病的病原学监测和防控水平,保护人民群众身体健康,保障国家生物安全具有重要意义。为规范国家致病菌识别网相关工作,特制定本方案。 一、目标...