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WGS用于结核病耐药检测——坦桑尼亚西北部

Genotypic Drug Resistance using Whole-genome Sequencing of Mycobacterium tuberculosis Clinical Isolates from North-western Tanzania

  • 来自坦桑尼亚西北部的结核分枝杆菌分离株的遗传耐药性特征包括常见突变。
  • 一线和二线耐药结核病以及耐多药结核病的患病率很低。
  • 耐药菌株属于不同的进化枝,表明该区域的耐药性TB的传播是有限的。
  • 使用WGS的进一步研究将监测现有耐药菌株的扩散和新菌株的出现。

背景

耐药性结核病(TB)是全球公共卫生的威胁。全基因组测序(WGS)是一种用于结核病(TB)诊断的新技术,能够为流行病学监测提供快速的耐药型和基因型。因此,我们使用WGS来确定坦桑尼亚西北部姆万扎的耐药结核分枝杆菌的基因型耐药谱和遗传多样性。

方法

2014年9月至2015年6月在Bugando医疗中心(BMC)进行了一项横断面研究。连续入选涂片阳性的新诊断结核病患者,年龄≥18岁。痰样品在Löwenstein-Jensen(LJ)斜面上培养。提取分枝杆菌基因组DNA用于WGS以确定一线和二线药物的耐药突变以及spoligotypes。

结果

共纳入78例初诊肺结核患者,年龄中位数为37岁[IQR:30 – 46]。其中,57.8%(45/74)为男性,34.6%(27/78)为HIV感染者。74名(94.9%)患者的菌株提取了DNA并进行了WGS测序分析,其中6个(8.1%)菌株具有对至少一种药物的耐药突变。耐药率分别为:异烟肼3/74(4.1%);利福平单耐药2/74(2.7%);乙胺丁醇2/74(2.7%);链霉素1/74(1.4%);没有异烟肼单耐药菌株。

在74名中,只有1名(1.4%)患者患有耐多药结核病。在1名患者(1.4%)中检测到乙硫异烟胺(二线药物)的耐药性。没有人对吡嗪酰胺、氟喹诺酮类、卡那霉素、阿米卡星或卷曲霉素有抗药性。

检测到的突变为:异烟肼的mabA-inhA启动子区C(-15)T和katG Ser513Thr; 利福平的rpoB His526Leu和rpoB Ser531Leu; 乙胺丁醇的embB Met306Val和embB Met306Ile; 链霉素的rpsL Lys43Arg; 乙硫异烟胺的mabA-inhA启动子区C(-15)T。

耐药结核分枝杆菌6个分离株的spoligotypes 都不相同,属于T1,T2,T3-ETH,CAS1-DELHI,EAI5和LAM11-ZWE谱系。

结论

来自坦桑尼亚西北部的结核分枝杆菌分离株的遗传耐药性特征包括先前报道的常见突变。对包括MDR-TB在内的一线和二线药物的耐药率很低。六种耐药菌株表现出不同的spoligotypes,表明该地区的耐药菌株传播是有限的。

参考文献:Genotypic drug resistance using whole-genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis clinical isolates from North-western Tanzania.

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