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TB-WGS分型的TB病例之间的流行病学关联效率是传统分子分型的两倍

Epidemiological links between tuberculosis cases identified twice as efficiently by whole genome sequencing than conventional molecular typing: A population-based study.

背景

具有相同DNA指纹图谱的结核分枝杆菌分离株的相应患者可以在流行病学上相关联。然而,荷兰的市政卫生服务部门只能通过传统的可变数量的串联重复(VNTR)基因分型来确定流感病毒学的相关性。本研究旨在探讨全基因组测序(WGS)是否比VNTR基因分型更可靠地预测结核病患者之间的流行病学联系。

方法

2016年,荷兰国家公共卫生和环境研究所对收到的所有结核分枝杆菌同时开展了VNTR基因分型和WGS 分析。当VNTR的24位VNTR模式全部相同时,分离株被VNTR聚类;当WGS显示分离株两者间单核苷酸多态性(SNP)≤12个时,将分离株分配到同一WGS簇。城市卫生服务部门对2016年VNTR聚类的所有分离株进行了聚类调查。计算了通过任一方法聚类的患者中确定的流行病学联系的比例。

结果

总共对535株分离株进行了基因分型,其中25%(134/535)由VNTR聚类,14%(76/535)由WGS聚类; 两种分型方法之间的一致性为86%。WGS聚类病例中流行病学相关联的比例(57%)是VNTR聚类病例(31%)的两倍。

结论

当应用WGS时,分离株聚类的数量减少了一半,但所有流行病学相关的病例仍然聚集在一起。因此,WGS是预测结核病病例之间流行病学联系比VNTR基因分型更可靠的工具,并且WGS可以避免基于错误聚类的流行病学调查,进而可以更有效地进行传播追踪。

Figures

参考文献:Epidemiological links between tuberculosis cases identified twice as efficiently by whole genome sequencing than conventional molecular typing: A population-based study.

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