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结核病全基因组测序实例

一个案例说明了WGS对结核病检测的巨大影响,以及它在快速检测和预防耐药性结核菌株在普通人群中的传播中的核心作用。

诊断时间线:

  • 2月:

患者男,38岁,意思结核病住院,采集了几个谈样本并进行培养检测

  • 3月:

经过一个月的培养,其中一个样本结核病培养阳性

  • 3月23日:

培养阳性样本送至参比实验室进行药物敏感性检测

  • 4月14日:

样本在参比实验室进行全基因组测序,用于检测耐药突变判断耐药型

  • 4月20日:

培养阳性后的28天,参比实验室培养法报告四种一线药物全部耐药(利福平、异烟肼、吡嗪酰胺和乙胺丁醇),判断患者为耐多药结核(MDR-TB)

  • 4月25日:

参比实验室报告了全基因组测序检测结果,检出耐药突变,rpoB(利福平耐药)、katG(异烟肼耐药)、inhA(异烟肼耐药)、pncA(吡嗪酰胺耐药)、embB(乙胺丁醇耐药)和rpsL(链霉素耐药)

四种一线药物全基因组测序耐药结果与培养法结果一致。

此外,全基因组测序检出氟喹诺酮类耐药突变(gyrA),氟喹诺酮类是治疗MDR-TB的主要二线药物,检出其耐药的信息极为重要,使医生能及时修正治疗方案。

此时,参比实验室培养法对二线药物敏感性检测尚未有结果。

  • 5月3日:

收到样本后的第41天,参比实验室报告了培养法二线药物敏感性测试结果。

说明:

常规培养方法在培养阳性后耗时28天得到对一线药物敏感性的结果,耗时41天获得对二线药物敏感性的结果。

相反,使用全基因组测序,参比实验室在收到样本后11天报告了一线药物和二线药物的可靠敏感性结果。

 结论:

在原始培养阳性后立即提交全基因组测序可以为一线药物耐药检测节省17天时间,为二线药物耐药检测节省30天时间。

结核病患者在开始用药后的2-3周往往还存在传染性,及时确定正确的药物治疗方案并让患者开始使用可以迅速减少疾病的传播风险。

 

Vincent E. Escuyer, Ph.D.
Director, Mycobacteriology Laboratory

原文:Mycobacteriology Laboratory Lends a Hand in New York City Case