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测序技术用于临床结核病的药敏检测

英国公共卫生部门(PHE)、荷兰以及纽约已经决定,当测序显示一线药物敏感时,将不再使用表型进行检测,这一政策的改变节省了大量的费用成本和时间。

结核病是世界上导致死亡的主要传染病之一,每年导致160万人的死亡。细菌耐药现象正破坏全球控制结核病的努力,据统计,2016年有1060万结核病患者,其中60万患者是利福平耐药或多耐药的,而耐药患者不足1/4得到诊断和治疗。尽管Xpert的应用使利福平耐药检测和快速诊断成为可能,但全面的药敏检测有助于患者得到更合适的治疗,从而降低耐药的扩大与传播。

10万基因组计划的一项研究给我们带来了希望,该研究分析了来源于16个国家的10209株结核分枝杆菌,以表型药敏结果为参考,发现全基因组测序技术预测表型的敏感性、特异性符合WHO的要求,足以用于临床。

该研究也发现,相比WHO推荐的基于PCR的检测,WGS技术的敏感性显然更好,这是因为WGS技术能检测更多的突变。这有两方面的重要性:首先,WGS检测可以指导合适的药物选择,而不仅仅像表型法那样提示避免使用哪些药物;其次,在常规使用WGS技术的地方,可以节省培养和表型分析的工作量。

文献:The CRyPTIC Consortium and the 100,000 Genomes Project. Prediction of Susceptibility to First-Line Tuberculosis Drugs by DNA Sequencing. N Engl J Med 2018;379:1403-15

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